1. 使用 RMarkdown 的 child 参数，进行文档拼接。
  2. 这样拼接以后的笔记方便复习。
  3. 相关问题提交到 Issue

1 配置

参考 M小白 (2019)

1.1 设置配置

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1.2 阿里云的安全防护

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这里配置之后，通过公有IP和端口登录服务器。

1.3 重置密码

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账号密码一般是 root 和 一个六位数字，用于登录，这里完成密码重置。

1.4 传输文件

apt-get install -y lrzsz

安装报错

apt-get install -y lrzsz
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
E: Unable to locate package lrzsz

参考 https://blog.csdn.net/llh_1178/article/details/72848549 解决办法是

apt-get  update
rz

进行传输

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:~# ls
test.Rmd
:~# pwd
/root

1.4.1 rz，sz

参考 https://blog.csdn.net/lengyue1084/article/details/51284458

yum install lrzsz

rz，sz是Linux/Unix同Windows进行ZModem文件传输的命令行工具，但是windows端需要支持ZModem的telnet/ssh客户端，比如xshell或者SecureCRT才可以使用。这两个命令也很好区分，sz：将选定的文件发送（send）到本地机器，s作为send的简写；同理，rz：运行该命令会弹出一个文件选择窗口，从本地选择文件上传到服务器(receive)，r作为receive的简写。 (知乎专栏)

1.5 安装 miniconda

参考 3.3 conda，下载后传入

传输比较慢。

参考 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D 直接在服务器内下载。

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
:~# bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

Welcome to Miniconda3 4.7.12

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
nano .bashrc

输入


#Anaconda
export PATH=/home/root/miniconda3/bin:$PATH

source .bashrc 重新激活。

Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/user/miniconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
/root/miniconda3/bin/python

重启就成功。

:~# which python
/root/miniconda3/bin/python

激活成功。

1.6 修改 conda 配置

镜像 conda默认的镜像源在国外，下载文件速度可能比较慢。我们需要将镜像源修改为国内的，下载速度会提高很多。

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

1.7 安装 Python 包

~# pip install numpy pandas tensorflow==2.0.0

1.8 安装 Jupyter Lab

conda install -c conda-forge jupyterlab

1.9 用jupyter操控服务器

首先，在远程服务器上安装jupyter：pip install jupyter

:~# jupyter-notebook --generate-config --allow-root
Writing default config to: /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

生成配置文件。

from notebook.auth import passwd
passwd()

生成密码。

>>> passwd()
Enter password: 
Verify password: 
'xxx'
nano ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

在首行加入


c.NotebookApp.ip='*'
c.NotebookApp.password = u'之前的那串sha1字符串'
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.port =8888 # 任意端口均可（只要不占用22,80等常用端口）
jupyter notebook --allow-root

服务器就在用 jupyter notebook

1.10 开通服务器端口

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访问 IP:8888，如 xx.xxx.xxx.xxx

1.11 访问 jupyter notebook

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1.12 方便之处

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手机和电脑能够登陆都都可以查看。 账号和密码登陆后可以可以多人操作。

2 守护进程

2.1 进程守护 jupyter notebook

参考 知乎

守护进程（daemon）是生存期长的一种进程，没有控制终端。它们常常在系统引导装入时启动，仅在系统关闭时才终止。

这样就不需要开着远程端口，服务器可以一直在跑。

参考 知乎

/dev/null是一个特殊的设备文件，这个文件接收到的任何数据都会被丢弃。因此，null这个设备通常也被成为位桶（bit bucket）或黑洞。

不生成日志， 把这个命令，存入到一个 shell 脚本中，这样下次直接调用脚本即可。

nano demo.sh
#!/bin/bash
nohup jupyter notebook --allow-root --port=8888  > /dev/null 2>&1 &

注意开头声明是哪个软件执行。

chmod +x demo.sh

使得脚本可执行。 输入文件名直接执行。

:~# ps -ef|grep jupyter
root     19230     1  0 17:40 ?        00:00:00 /root/miniconda3/bin/python /root/miniconda3/bin/jupyter-notebook --allow-root --port=8888
root     19312 19280  0 17:50 pts/0    00:00:00 grep --color=auto jupyter

这个可以查看当前有哪些进程在跑。 kill -9 18982 强制杀掉某个进程。

然后跑

bash demo.sh

守护进程是报错的，如果 jupyter notebook 失效查看是不是内存满了。

:~# jupyter notebook --allow-root --port=8888
[W 02:25:52.065 NotebookApp] WARNING: The notebook server is listening on all IP addresses and not using encryption. This is not recommended.
[I 02:25:52.089 NotebookApp] [jupyter_nbextensions_configurator] enabled 0.4.1
[I 02:25:52.090 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /root
[I 02:25:52.090 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:
[I 02:25:52.090 NotebookApp] ...
[I 02:25:52.090 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).
[E 02:25:52.090 NotebookApp] Failed to write server-info to /root/.local/share/jupyter/runtime/nbserver-9298.json: [Errno 28] No space left on device
OSError: [Errno 28] No space left on device

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/root/miniconda3/bin/jupyter-notebook", line 8, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/root/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py", line 268, in launch_instance
    return super(JupyterApp, cls).launch_instance(argv=argv, **kwargs)
  File "/root/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py", line 664, in launch_instance
    app.start()
  File "/root/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py", line 1834, in start
    self.write_browser_open_file()
  File "/root/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py", line 1753, in write_browser_open_file
    self._write_browser_open_file(open_url, f)
OSError: [Errno 28] No space left on device

3 在 Jupyter Notebook 中使用 R

参考 Frigaard (2018)

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),
                 repos = c('http://irkernel.github.io/', 
                           getOption('repos')), 
                 type = 'source')
IRkernel::installspec(user = FALSE)

安装

rzmq 可能安装失败，参考 GitHub

sudo apt-get install -y libzmq3-dev

然后就可以查看到可以使用 R 的 kernel。

附录

参考文献

Frigaard, Martin. 2018. “How to Install r on a Jupyter Notebook.” Storybench. 2018. http://www.storybench.org/install-r-jupyter-notebook/.
M小白. 2019. “一文详解用云服务器进行深度学习.” 技术杂学铺. 2019. https://mp.weixin.qq.com/s/hoJBKW9rUxo_kFdzi1bvrw.